Своим рождением СМУ-6 обязано шахте №57, созданной в 1934 году для сооружения перегонных тоннелей от станции «Площадь Революции» до «Курской». Сложная гидрогеология потребовала вести проходку под сжатым воздухом. Также в кессоне с 1934-го по 1938 год строились перегоны от «Динамо» до «Аэропорта».
Название организации менялось: шахта №57, шахта №11, шахта №10, шахта «Смоленская», СМУ-6. На протяжении 20 лет бессменным руководителем кессонщиков оставался Дмитрий Штерн. За это время была построена «Октябрьская»-кольцевая. Сооружена «Смоленская» – в условиях огромного горного давления и притока грунтовых вод, неоднократно прорывавшихся в забой.
В апреле 1953 года организация переименована в СМУ-6 Метростроя. Годом позже ее возглавил Виктор Тройе. В 1957 году открыта станция «Спортивная». Для ее строительства впервые в истории отрасли применены пилот-тоннели. Также сооружен уникальный метромост на станции «Ленинские горы» (ныне – «Воробьевы горы»).
С 1960 года СМУ-6 участвует в создании сложных развязок автодорожных и железнодорожных магистралей. Это многочисленные комплексы пешеходных переходов на Комсомольской площади и Садовом кольце.
В 1962 году СМУ-6 завершает возведение основных конструкций станции «Шаболовская».
В 1963 году главой организации стал Валентин Федоров. Спустя год сданы в эксплуатацию перегонные тоннели и камеры съездов от станции «Войковская» до «Водного стадиона».
В 1966 году организацию возглавил Юрий Кошелев, впоследствии ставший начальником Мосметростроя и Героем Социалистического труда.
С 1967 по 1980 год СМУ-6 руководил Нариман Простов. При нем закончено строительство «Таганской»-радиальной, сдана «Коломенская». В 1970 году построен эскалаторный тоннель и подземный вестибюль с комплексом пешеходных переходов станции «Китай-город». В 1971-м – перегонные тоннели до «Тургеневской», а также наклон «Сухаревской» и ее вестибюль, на сооружение которого ушел всего год.
В 1975-м построена станция «Кузнецкий мост» с вестибюлем и пересадкой на «Лубянку». СМУ-6 всегда стремилось совершенствоваться и осваивать новые технологии. Так, ствол шахты №932 на «Кузнецком мосту» сооружали методом опускной крепи в тиксотропной рубашке, что позволило сократить срок проходки на полгода.
В 1978-м вступают в строй перегонные тоннели от «Бабушкинской» до «Медведково». Их строили открытым способом с устройством искусственного русла реки Яузы.
В 1979 году состоялся пуск станции «Марксистская» с перегонными тоннелями. При ее сооружении неоднократно происходил выброс воды в забои.
С 1981 года руководство коллективом принял Алексей Лыхо. Спустя год была сдана станция «Ленино» (с 5 ноября 1990 года – «Царицыно») и перегонные тоннели в сторону «Орехово». При сооружении «Серпуховской» успешно внедрена новая конструкция станции пилонно-колонного типа.
С 1986 по 2001 год коллектив возглавлял Вольдемар Ломоносов. В 1987-м сданы в эксплуатацию эскалаторный тоннель и вестибюль станции «Боровицкая». В 1988-м готов комплекс сооружений «Менделеевской», где пришлось бороться с грунтовыми водами и горным давлением. Станция «Улица Подбельского» (с 2014 года – «Бульвар Рокоссовского») сдана в 1990 году. В 1994-м построена «Чкаловская» с вестибюлем. Южный выход «ВДНХ» открылся в 1997 году.
В тот период финансирование строительства резко снизилось. СМУ-6, как и весь Мосметрострой, осваивало новое направление работы – возведение дорожно-транспортных объектов. Были построены тоннели под МКАД на Ярославском, Коровинском шоссе, Кутузовском и Ленинском проспекте.
При Игоре Колдунове сданы станционные сооружения «Аннино» с перегонами. В Южном Бутове освоена технология строительства легкого метро эстакадного типа. Открыта станция «Достоевская». При работе над транспортным тоннелем Мневники удалось создать поточный метод строительства.
С 2004 года коллектив возглавил Юрий Левченко, при котором были построены Серебряноборские тоннели. Здесь усовершенствовали технологию применения съемной опалубки и укладки бетона.
С 2012 года СМУ-6 руководит Олег Литовченко. Долгое время он работал в организации начальником участка и заместителем главного инженера, затем – главным инженером в СМУ-15.
В 2011 году начались работы по продлению Люблинско-Дмитровской линии от «Марьиной Рощи» до «Петровско-Разумовской». Проходку основных сооружений станции «Фонвизинская» СМУ-6 завершило своевременно.
В 2014 году благодаря предложению СМУ-6 была выполнена сложнейшая задача. Тупики за станцией «Тропарево» прошли тоннелепроходческим комплексом КТ-5.6, переоборудованным в щит ЩН-1. Скорость при этом составила 98 метров в месяц, что обеспечило пуск Сокольнической линии в срок.
Тогда же коллектив приступил к сооружению перегонов и части станционного комплекса «Верхних Лихобор».
В настоящее время СМУ-6 работает сразу на нескольких объектах. Коллективу поручено сооружение станционного комплекса «Ржевской» с пересадкой на Калужско-Рижскую линию. Участок №3 строит вестибюль станции метро «Авиамоторная», а также занимается реконструкцией «Филевского парка». Участок №1 завершает работы на шахте №959 ЛДЛ.
СМУ-6 всегда славилось оперативностью и высочайшим профессионализмом рабочих и руководителей. В истории метростроения навсегда останутся имена бригадиров Федора Захарюженкова, Петра Ратникова, Бориса Баранова, Анатолия Кузнецова, Александра Попкова, Михаила Лаптева и многих других.
Также СМУ-6 служило источником ценнейших кадров. Многие инженеры, начинавшие здесь свой профессиональный путь, выросли до руководителей. Это Анатолий Полосин (возглавлял СМУ-1), Алексей Крюков (был начальником СМУ- 15), Шамтон Симандуев (находился во главе СМУ-3). Юрий Кошелев и Нариман Простов в разные годы возглавляли Мосметрострой.